Ha sido fundado, inmediatamente después de la conquista de Tenerife, por cinco frailes franciscanos, Fray Francisco Pérez, Fray Juan Campuzano, Fray Juan de Soria, Fray Juan de Villadiego y Fray Gonzalo.

La tradición pretende que su fundación es del mismo año de 1496 en que se daba por terminada la conquista, pero no hay ninguna prueba de ello. Sin duda, algunos de los frailes mencionados, si no todos, habían venido a la isla al mismo tiempo que las tropas castellanas, y se habían quedado en La Laguna, después de terminada la conquista; pero la organización de la comunidad conventual debió de hacerse años más tarde.

El primer Adelantado les dio un solar en La Laguna, para edificar su convento, que aun se estaba construyendo en 1509; pero se sabe que se estaba fabricando por lo menos desde el año de 1506.

Según parece, el primer edificio se había empezado en un solar diferente del actual, más lejos de la ciudad, en las faldas del Bronco, que es el cerro al norte de la montaña de San Roque. El Adelantado hizo que se cambiara este sitio, acercando más el convento.

Este último recibió su nombre bastante más tarde, sin que sepamos decir con precisión cuándo: lo cierto es que hasta 1520 se llamaba comúnmente convento de San Francisco: en 1513, por ejemplo, el Cabildo acuerda que se hagan procesiones, para pedir agua, en San Miguel y en San Francisco; de donde se infiere que por aquel entonces aun no era posible la confusión entre el convento franciscano y la ermita de la plaza del Adelantado.

En 10 de agosto de 1515, el Adelantado daba al convento una viña y un majuelo separados de sus propias tierras, en el valle de Tegueste; y designaba como lugar de su entierro la capilla mayor de su iglesia, obligándose a fabricarla a su costa. Esta capilla aun no estaba terminada en 1525, fecha de su fallecimiento; sin embargo, el ejemplo del Adelantado fue seguido por algunos de los personajes más prominentes de la isla, y en primer lugar por sus parientes.

La casa del convento había sido construida en 1508 por el maestre de albañilería Francisco de Heras, ayudado luego por Diego Rodríguez. Desde 1510, don Pedro de Lugo fundaba la capilla colateral de la Epístola, al lado de la cual fundaba otra Rafael Fonte, en 1513. Un año antes, el carpintero Luis Barba se había obligado a enmaderar todo el edificio conventual; el claustro fue edificado de 1522 a 1523 por los canteros Cristóbal Moreno y Pedro Martín, los albañiles Pedro López y Juan Merino, y el carpintero Gómez Yánes. La capilla colateral del Evangelio, fundación de Alonso de las Hijas, se fabricó en 1522-1525.

Al fundarse un convento de monjas claras en La Laguna, los frailes franciscanos hicieron un convenio con el Cabildo, en 15 de septiembre de 1545, por el cual cedían su propio convento a las monjas, a cambio del hospital de San Sebastián, al que pasaron luego a vivir durante 34 años. Al fin, como el Cabildo se oponía a la fundación o formalización del convento franciscano en San Sebastián, lo cual significaba la supresión pura y simple del que antes habían tenido los frailes en San Miguel de las Victorias, éstos pusieron pleito a las monjas, y pidieron la  devolución de sus casas; y en 1577 ganaron sentencia favorable del cardenal legado residente en Madrid, a quien había sido sometido el juicio. Las religiosas tuvieron tres años de plazo para evacuar el convento, y pasaron a fundar el de Santa Clara; después de lo cual, los religiosos volvieron a su casa anterior.

Durante el primer siglo de su existencia, el convento fue más que regularmente pobre. Antes de dejar su casa a las monjas claras, su iglesia aun no tenía capilla mayor, debido al abandono en que se hallaba la hacienda del Adelantamiento de Canarias. Tampoco se hallaron medios para edificarla después: se empezó a edificar en 1584, pero aun no estaba terminada en 1588. Según declaración de 1594, la comunidad "es tan pobre que las limosnas della no bastan a sustentar los fray les que en ella avitan"; de modo que, después de haber hecho "con mucho travajo de los religiosos la capilla mayor deste dicho convento, de que tenía muy gran necesidad", no tuvieron medios para costear su ornato, a que se comprometió Juan de Fresneda, tesorero de la Santa Cruzada.

En 1607, Fray Leandro Pérez le dejaba por su testamento 300 ducados "por tener necesidad de acabar el cuarto del dormitorio que está en él, y asimismo la sala donde se recogen los novicios, por estar en extrema necesidad de que se acuda, por estar arruinado y por la pobreza del dicho convento no puede suplir su costo". En 1618 hubo obras, con madera que se sacó de la Huerta del Obispo y de su cumbre. En 1653, María de Guzmán Cabrejas, viuda de Diego de Castro Tamarán, dejaba la cantidad nada despreciable de 16000 ducados, para hacer una enfermería; pero no consta que se haya llegado al caso de cobrar tan interesante herencia.

Las lluvias torrenciales de la noche del 24 al 25 de enero de 1713 provocaron catastróficas inundaciones en La Laguna, al punto que el convento quedó completamente anegado, con pérdida de muchos muebles y ornamentos. El Cabildo ofreció otra vez el hospital de San Sebastián para morada de los frailes; y el Santísimo Cristo, así como la Eucaristía, fueron llevados a la casa del conde del Valle Salazar. Después, previa real cédula de autorización, en el mismo año de 1713 ofreció el Cabildo mil pesos de sus caudales, para reedificación del convento, que reparó rápidamente los destrozos ocasionados por la inundación. Su casa fue ocasionalmente residencia de los capitanes generales, hasta 1723, cuando el marqués de Valhermoso trasladó su residencia a Santa Cruz.

Un segundo desastre, todavía mayor, se abatió sobre el convento en 28 de julio de 1810. Un incendio que prendió primero en el campanario y se propagó rápidamente al coro y a la techumbre, destruyó completamente las casas y la iglesia: sólo pudieron salvarse las imágenes, las alhajas y los papeles de su archivo. Las primeras fueron trasladadas al convento de Santa Clara, salvo pocas excepciones: el Santo Cristo y San Francisco que fueron colocados en la iglesia de los Remedios, en el altar mayor y en el de la Luz respectivamente, un San Buenaventura que le cupo a la iglesia de los agustinos. Los frailes se dedicaron en seguida a edificar por lo menos en parte el convento destruido, y lograron, en el breve término de un año, construir la capilla del Santo Cristo, que es la que aun se ve y en donde fue colocada la imagen, en 14 de septiembre de 1811.

La reedificación de toda la iglesia había sido prevista. Con este objeto se iban acopiando materiales y fondos, cuando vino el restablecimiento de la Constitución de Cádiz, en 1820, que reducía el número de los conventos en general, y suprimía a éste. Desaparecido el régimen constitucional, volvieron los frailes en 1823; pero no tuvieron tiempo de emprender nada, por haber intervenido la ley de exclaustración y desamortización antes de haberse empezado la reedificación.

En 1839, la casa del convento fue pedida para cuartel del regimiento de milicias provinciales; y lo ha sido después, hasta nuestros días, del regimiento 93 de artillería. La huerta fue vendida por el erario, por la cantidad de 3.000 reales de papel, o sea una onza de oro, alrededor de 2.000 pesetas actuales, pagaderas en ocho plazos. En fin, de la iglesia sólo queda en pie la capilla edificada en 1811, a la que se entra por la misma puerta del cuartel y que es uno de los templos más concurridos de la ciudad.

Sobre el aspecto interior del convento y de su iglesia antigua sólo poseemos nociones incompletas. La capilla mayor, reservada para sepultura del Adelantado y de su casa, si es que ha servido para este uso, sólo ha recibido los huesos del conquistador de la isla, y antes de haberse construido. Al enajenarse el solar ocupado por la iglesia, se hicieron investigaciones para identificar su sepultura, en 1860. Se recogieron los restos que allí se hallaron y que descansan ahora en un monumento funerario de la catedral. Al mismo tiempo, se puso en su lugar, entre las ruinas del templo, una lápida que, después de olvidada, se volvió a "descubrir" en 1942, haciendo pensar a algunos que allí estaban los "verdaderos" restos del Adelantado.

Por lo demás, sólo sabemos que el retablo mayor había sido hecho en 1636 por Antonio de Orbarán, y que la imagen de San Francisco, que en él se contenía, había policromada en 1590 por Cristóbal Ramírez. La capilla colateral del Evangelio, dedicada a  Nuestra Sra. de los Angeles había sido fundada por el regidor Bernardino Justiniano (1533-1605) y por su mujer Jerónima Guerra, por escritura otorgada en 25 de abril de 1598, en cuya fecha estaba ya edificada

Los fundadores sólo actuaban como ejecutores de la última voluntad de Tomasina Justiniano, mujer de Antonio Usodemar y hermana de Benardino Justiniano fallecida ya en 1583. El  retablo fue ofrecido por Jerónima Guerra, y después sustituído por otro que dio Fernando de la Guerra; la capilla pasó a ser patronato de los Guerra, marqueses de la Villa de san Andrés.

La" capilla de la Epístola, fundada en 1510, por el regidor Pedro de Lugo y consagrada al Señor de la Columna, se llamó también capilla de los Gallinato por haber recibido sepultura en la misma Andrés Xuárez Gallinato, y después de los Valcárcel por haberla heredado en 1520 el Licenciado Cristóbal de Valcárcel, yerno del fundador; más tarde fue patronato de los Llerena y Calderón, marqueses de Acialcazar y Torrehermosa. A partir de 1775 tuvo por advocación la de Nuestra Señora de la Concepción.

Entre esta capilla y la mayor se hallaba la del Espíritu Santo, fundada en 1513 por Rafael Fonte y construida en el mismo año por el cantero Juan Gómez.

Según autos seguidos por Gaspar Ponte, nieto del fundador, en 1581, estaba "como entramos por la puerta principal a la mano derecha, linda con la capilla mayor y con la capilla que dicen de los Lugo». Fue cedida en el mismo año a doña Olalla Fonte, viuda del Doctor Fiesco y fundadora del convento de las monjas claras.

Hay noticias de que hubo varias capillas más. La de Candelaria fue dotada en 2 de Eñero de 1641 por Diego Benítez de Lugo y su esposa, Ana García de Vergara. Por escritura de 12 de julio de 1654 , Juan Freile, labrador, y su mujer Leonor Pérez fundaban la capilla de San Juan Bautista, con privilegio de sepulcro mayor, y dejaban sus retratos puestos en uno de los cuadros del retablo. El altar de San Cristóbal, fabricado por el regidor don Francisco Fonseca de la Serna y Mexía, y por su hermano el regidor don Mateo Fonseca de la Serna, fue dotado por el primero en 13 de diciembre de 1767. Una capilla de la Oración del Huerto estaba en el claustro del convento: pertenecía a la orden tercera de los franciscanos y poseía las imágenes de Cristo con los tres apóstoles, que pasaron después al convento de Santa Clara y forman un paso que sale en la procesión de Lunes Santo.

Entre las cofradías formadas en la iglesia de los franciscanos merece señalarse la de la Purísima Concepción, fundada con licencia del ordinario en 28 de noviembre de 1732, y que adoptó las constituciones aprobadas por el papa Benedicto para la cofradía del mismo nombre, situada en la iglesia romana de Araceli, en 1727. La Venerable Orden Tercera de San Francisco, del siglo XVI, antes mencionada, ha perdido todos sus archivos en el incendio de 1810. Pero la más ilustre de todas, y de todas las cofradías de Canarias, es la célebre esclavitud del Santísimo Cristo de La Laguna, fundada en 6 de septiembre de 1659 por 33 sujetos de la nobleza: según parece, no se trataba de una fundación en el sentido exacto de esta palabra, sino que esta esclavitud se formaba en sustitución de una hermandad que existía desde principios del siglo XVI y que rendía culto a la imagen de esta devoción. Esta esclavitud, que no solía admitir sino hermanos de la más segura y acendrada nobleza, decayó en el siglo XIX, y fue restablecida sobre bases más democráticas en 1873. Actualmente ocupa el local contiguo a la iglesia, y se dedica al culto de la imagen titular, así como a la recaudación de fondos en vista de una reedificación del templo, digna de esta venerable imagen; los planos de esta futura iglesia están aprobados, pero todavía faltan los fondos para llevarlos a cabo.

En la actualidad, la iglesia tiene la categoría de Real Santuario, con culto intenso; ha sido devuelta a una comunidad de franciscanos, que se han restituido a esta casa en 10 de agosto de 1917.

La iglesia es de una sola nave, alta y estrecha, de unos 46 m. de largo y unos 7 m. de ancho. Se entra por una puerta debajo del coro alto. El presbiterio, elevado en tres gradas sobre el suelo de la nave, tiene las paredes forradas con tela de seda carmesí.

El altar tiene un frontal de plata repujada con las armas de los marqueses de Villanueva del Prado. La pared del fondo está ocupada por un importante manifestador de plata, con un nicho central sobre cuyo fondo de madera labrada y dorada descansa la cruz del Santísimo Cristo; encima, a modo de remate, está una pequeña talla antigua, policromada, de San Miguel de las Victorias.

El Santísimo Cristo es una hermosa talla perteneciente al gótico sevillano, probablemente del siglo XV, Sus orígenes no se conocen con suficiente seguridad, y han dado lugar a diferentes versiones, todas ellas caracterizadas por circunstancias milagrosas. Según la opinión que ofrece mayores visos de probabilidad, vino a Tenerife por el año de 1520 o poco antes, por haber sido regalado al primer Adelantado de Canarias, para el convento franciscano, por el duque de Medina Sidonia. Se afirma que antes había estado en la ermita de la Vera Cruz de Sanlúcar de Barrameda, patronato de la casa de los duques. El valor artístico de la talla, con ser grande, es inferior a su valor arqueológico y sobre todo sentimental, por tratarse de la imagen más popular de la ciudad, y la que ocasiona mayor afluencia de fieles y de romeros. Desde principios del siglo XVII tuvo fiesta propia, costeada por el Cabildo, el día 14 de septiembre. Ahora se saca procesionalmente el Viernes Santo, en una base de plata repujada donada en 1654 por el capitán Lázaro Rivero.

La cruz, cubierta con chapa de plata toscamente labrada, es un regalo de don Francisco Bautista Pereira de Lugo, señor de las islas de La Gomera y El Hierro, en 1630; la cruz antigua, que ha sido sustituida por ésta, se guarda en el coro bajo del convento de monjas claras.

En el año de 1609 se hizo Información sobre la procedencia del Santo Cristo de La Laguna, en vista de la obra que luego se citará. Los testigos varían bastante en su relación, pero de modo general parecen concordes en afirmar que la cruz la trajo el primer Adelantado, en circunstancias milagrosas, de una nao veneciana que habla aportado en Santa Cruz. A raiz de esta investigación publicaba fray Luis Quirós, provincial de los franciscanos, un opúsculo dedicado a esta imagen, a su historia y a sus milagros; su título es Breve sumario de los milagros que el santo crucifixo de San Miguel de las Victorias de la ciudad de La Laguna de la isla de Tenerife ha obrado hasta el año de 1590, y de los primeros predicadores de la fe en las islas Canarias, Zaragoza 1612. Los datos que se aducen en este libro, y que se fundan a menudo en tradiciones o en recuerdos imprecisos, no son todos de igual confianza. Así y todo, es un documento precioso para la historia del culto de esta imagen en las islas.

En 1630 le regalaba Gaspar de Soria Pimentel una colgadura de doseles de damasco que había traído de Indias.

El acuerdo del Ayuntamiento de intervenir en las fiestas, gastando en ellas hasta 50 ducados, es de 17 dé septiembre de 1607; y en 12 de agosto de 1625 acordó el Cabildo asistir a las mismas en forma de ciudad. Por los años de 1640, estas fiestas se hacían con adornos de ramadas de sabina en las calles que recorría la procesión.

En la pared del lado de la Epístola, inmediatamente después de la barandilla que separa la nave del presbiterio, está un cuadro alegórico de la Corona Seráfica, en cuyo centro se ve la figura de la Virgen con el Niño Jesús. A su lado, sobre una repisa y sentado en un sillón de talla de madera, está una pequeña imagen del Niño Jesús, llamado de las Lágrimas, de candelero o de vestir. Le sigue un altar dentro de un arco de piedra, al igual que todos los demás altares laterales: encima de un sagrario de plata está una Virgen de talla, de estatura natural, vestida y adornada con ricas alhajas ofrecidas por los fieles.

Más adelante, en dirección del coro, después de haber pasado un lienzo del Martirio de San  Laureano, se halla el altar de San Antonio, con su talla antigua policromada, de buena factura, sobre peana de plata. A su derecha, un lienzo de Santa Rosa de Lima. Después se entra debajo del coro alto, sostenido por un arco de cantería. En este lugar, en la pared del fondo, están tres lienzos que representan a la Virgen de Candelaria entre San Benito y Santa Bárbara.

Al volver hacia el altar mayor, a lo largo de la pared del Evangelio, el primer cuadro es un San Francisco. A su lado está el altar de San Diego, con su imagen de talla y de vestir, sobre peana de plata, seguido por un cuadro de Nuestra Señora de la Merced. El altar siguiente contiene la imagen policromada de San Francisco recibiendo los estigmas, buena obra antigua, de taller canario desconocido. Y, lleva estandarte de plata, crucifijo de Marfil. Entre este altar y el presbiterio hay un lienzo de la Visitación de la Virgen del siglo XVII, seguido por el púlpito de talla policromada. Varias de estas obras tienen interés artístico, pero sus autores no se conocen.

Del libro, La Laguna Monumental de D. ALejandro Ciuranescu, escrito en 1965.